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硫氧还蛋白TXN识别过氧化物酶PRDX5的机制研究

申报人:杨一帆 申报日期:2025-03-26

基本情况

2025创新项目
硫氧还蛋白TXN识别过氧化物酶PRDX5的机制研究 学生申报
创新训练项目
理学
生物科学类
学生来源于教师科研项目选题
二年期
本项目利用二硫代二硝基苯甲酸与硫氧还蛋白TXN及与过氧化物酶PRDX5进行分子间二硫键交联反应,从而明确与TXN形成二硫键的PRDX5的关键半胱氨酸残基,并制备二硫键连接的稳定态TXN-PRDX5蛋白质复合物。通过突变PRDX5氨基酸残基并检测过氧化物酶催化效率的变化,从而揭示TXN-PRDX5相互作用的关键氨基酸残基。本项目阐明TXN识别PRDX5的分子机制,为深入研究TXN-PRDX5复合物的功能奠定基础,也为阻断TXN-PRDX5相互作用的小分子抑制剂类化合物的设计提供依据。
负责人从大一上学期开始进入指导教师实验室参加科研训练,在指导老师的悉心指导下,已经熟练掌握了分子克隆、重组蛋白原核表达、蛋白亲和层析纯化、蛋白分子筛纯化等关键实验技术,能够独立操作完成实验,具有较好的科研积累。作为参与作者投稿研究论文1篇。
指导教师以海外优秀青年人才引进济宁医学院,担任硕士研究生导师、创新教育导师。在JBC等 学术期刊发表研究论文发表20余篇,作为项目负责人主持科研课题如下:
1、国家自然科学基金面上项目1项(32171260)
2、山东省自然科学基金面上项目1项(ZR2024MC165)
3、国家自然科学基金青年项目1项(31700672)
4、山东省自然科学基金博士基金项目1项(ZR2017BC009)
5、山东等高等学校科研计划项目1项(J17KA127)
6、指导完成国家级大学生创新训练计划项目1项(201910443015)
指导教师所在的实验室为山东省高校特色实验室,具有完备的实验室硬件条件。指导教师热衷于学生培养工作,具有较高的学术水平和充足的科研经费,能够对本项目的顺利开展提供必要的试剂耗材、仪器设备、学术指导和科研经费支持。
省级

项目成员

序号 学生 所属学院 专业 年级 项目中的分工 成员类型
杨一帆 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2024 分子克隆、蛋白表达与纯化、酶活性检测
王乐 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2024 酶活性检测
裴敏佳 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2024 分子克隆、蛋白表达与纯化
王秋鸣 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2024 酶活性检测
孙睿琦 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2025 分子克隆、蛋白表达与纯化
杨文静 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2024 蛋白表达与蛋白纯化

指导教师

序号 教师姓名 所属学院 是否企业导师 教师类型
杨祥伟 中华行为医学与脑科学编辑部
连福明 精准医学研究院

立项依据

本项目旨在鉴定氧化物酶(peroxiredoxin 5, PRDX5)与硫氧还蛋白(thioredoxin, TXN)形成分子间二硫键的关键半胱氨酸残基,明确PRDX5与TXN形成分子间二硫键连接的瞬时复合物机制。通过突变潜在参与TXN-PRDX5相互作用的氨基酸残基,检测PRDX5过氧化物酶活性的变化,揭示两者发生相互作用的分子基础,从而阐明TXN识别PRDX5的分子机制。
① TXN通过二硫键与PRDX5形成瞬时蛋白质复合物的鉴定。
方法1:将PRDX5与H2O2混合进行催化反应,得到分子内二硫键连接的氧化型PRDX5,然后将其与TXN混合进行反应,得到分子间二硫键连接的TXN-PRDX5复合物,通过液质联用质谱(LC-MS)鉴定复合物中参与二硫键形成的半胱氨酸。
方法2:利用二硫代二硝基苯甲酸(DTNB)与人TXN及PRDX5进行二硫键交联反应。通过突变TXN和PRDX5的可能形成二硫键的相应半胱氨酸,明确PRDX5的哪个半胱氨酸偏爱与TXN形成分子间二硫键。

② 稳定态TXN-PRDX5蛋白质复合物的制备。
超量表达及纯化TXN和PRDX5蛋白,利用上述DTNB交联促进TXN-PRDX5间形成二硫键的方法,可大量制备以分子间二硫键连接的、构象稳定的TXN-PRDX5复合物,利用镍亲和层析(Ni-NTA)、分子筛层析(Superdex 75)等方法得到高纯度的TXN-PRDX5复合蛋白复合物。

③ PRDX5关键氨基酸残基突变对TXN识别和催化效率的影响。
通过同源蛋白分子建模,构建TXN-PRDX5蛋白质复合物的三维结构,鉴定潜在的参与TXN-PRDX5相互作用的关键氨基酸残基。利用定点突变的方法并结合酶促反应动力学的方法检测关键氨基酸突变对PRDX5催化和再生效率的影响。
      硫氧还蛋白TXN是一种广泛分布且高度保守的调控细胞氧化还原状态的蛋白质[1]。TXN能够作为各种酶的抗氧化剂或辅因子而调节其活性和功能。研究发现,TXN已成为多种疾病的关键生物标志物,例如与氧化应激、炎症、衰老相关的疾病[2-4]。TXN含有以Cys-Gly-Pro-Cys(CGPC)为特征的活性位点蛋白质基序[5],使得TXN能够在还原态和氧化态之间发生活性转变。还原态的TXN能够靶向含有二硫键的蛋白质,通过转移电子形成混合二硫键连接的TXN-靶蛋白复合物形式,从而调节靶蛋白的活性和功能[5]。研究发现,TXN能够通过选择性的还原参与DNA结合或者蛋白-蛋白相互作用中的半胱氨酸激活多种转录因子,例如核因子κB(NF-κB)、激活蛋白1(AP-1)、p53等[1]。TXN可以通过还原半胱氨酸而有效抑制半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(caspase-3)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(caspase-9)等多种酶的催化活性或者底物结合位点[1]。TXN能够通过调节影响蛋白聚合状态的半胱氨酸以调控关键蛋白-蛋白相互作用,例如凋亡信号调节激酶1(ASK1)-肿瘤坏死因子受体关联因子2(TRAF2)、B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)- B淋巴细胞瘤-2基因相关X(Bax)等[6]。
      过氧化物酶(peroxiredoxin, PRDX)是细胞内广泛存在的一类抗氧化蛋白,其通过自身具有氧化还原活性的半胱氨酸分解过氧化氢和有机过氧化物[7, 8]。临床和动物实验表明,PRDX的缺陷能够导致氧化应激,并与炎症性疾病、范可尼贫血、溶血性贫血、肿瘤等多种疾病的发生展密切相关[9-12]。PRDX催化底物过氧化物的分解依赖于两个关键的活性半胱氨酸,分别为peroxidatic cysteine (CP)和resolving cysteine (CR)[13]。CP在进化水平上非常保守,其负责亲核攻击过氧化物的过氧键,CP附近残基组成了保守的PRDX活性位点基序(PXXXS/TXXC)。CR负责与CP形成二硫键连接的氧化型PRDX。PRDX的催化循环分为三步:(1)Peroxidation。Prx的CP亲核攻击过氧化物底物,使底物被还原为相应的醇类,同时CP被氧化为次磺酸形式的半胱氨酸;(2)Resolution。CP与CR形成二硫键连接的氧化型Prx;(3)Recycling。硫氧还蛋白TXN通过二硫键交换反应使失活的氧化型PRDX转变为具有催化能力的还原型PRDX。当细胞内过氧化物的浓度处于较高水平时,CP能够被过度氧化为亚磺酸(-SO2H)与磺酸(-SO3H)形式的半胱氨酸,从而失去活性。研究发现,过度氧化的典型双半胱氨酸PRDX具有分子伴侣的功能[14]。
      PRDX5是PRDX家族中的成员之一,其蛋白的氮端和碳端分别具有线粒体和过氧化物酶体定位信号肽,广泛分布于线粒体、过氧化物酶体、细胞核和胞质中[15]。PRDX5通过其过氧化物还原酶功能能够抵抗活性氧对细胞的氧化性损伤,从而对细胞的生存起了保护性作用。研究发现,PRDX5通过调控氧化应激缓解了肥胖引起的脂肪肝[16]。利用肥胖小鼠模型发现PRDX5通过调控活性氧减少了脂肪的生成[17],PRDX 5通过调控线粒体活性氧参与了脊椎动物纤毛的形成[18]。大部分肿瘤患者如肺癌、胃癌、乳腺癌等PRDX5的蛋白表达水平上调,其过量表达加强了肿瘤的发生与转移,并且与预后不良相关[19-22]。
      在PRDX5的催化循环过程中,PRDX 5催化过氧化物底物分解及形成CP-CR二硫键连接的氧化型PRDX5的结构与功能研究较为深入。然而,失活的氧化型PRDX5被TXN再生为具有催化能力的还原型PRDX5的研究较少,并且TXN识别并且还原氧化型PRDX5的机制目前仍然未知。因此,本项目以此为切入点以解决此关键问题。

参考文献
[1] Yang B, Lin Y, Huang Y, Shen YQ, Chen Q. Thioredoxin (Trx): A redox target and modulator of cellular senescence and aging-related diseases, Redox Biol (2024) 70, 103032.
[2] Lu Y, Zhao X, Li K, Luo G, Nie Y, Shi Y, Zhou Y, Ren G, Feng B, Liu Z, Pan Y, Li T, Guo X, Wu K, Miranda-Vizuete A, Wang X, Fan D. Thioredoxin-like protein 2 is overexpressed in colon cancer and promotes cancer cell metastasis by interaction with ran, Antioxid Redox Signal (2013) 19, 899-911.
[3] 高昀欣, 左群. 硫氧还蛋白系统与心血管疾病的研究进展, 生命科学 (2023) 35, 1678-1688.
[4] 刘怀玉, 王可, 闫文静, 王月, 张文欣, 何治. 硫氧还蛋白-1在脑缺血中作用的研究现状, 中国临床药理学杂志 (2024) 40, 1525-1529.
[5] Lu J, Holmgren A. The thioredoxin antioxidant system, Free Radic Biol Med (2014) 66, 75-87.
[6] Naik MU, Patel P, Derstine R, Turaga R, Chen X, Golla K, Neeves KB, Ichijo H, Naik UP. Ask1 regulates murine platelet granule secretion, thromboxane A(2) generation, and thrombus formation, Blood (2017) 129, 1197-1209.
[7] Qausain S, Basheeruddin M. Unraveling the Peroxidase Activity in Peroxiredoxins: A Comprehensive Review of Mechanisms, Functions, and Biological Significance, Cureus (2024) 16, e66117.
[8] Rhee SG, Kil IS. Multiple Functions and Regulation of Mammalian Peroxiredoxins, Annu Rev Biochem (2017) 86, 749-775.
[9] Radyuk SN, Orr WC. The Multifaceted Impact of Peroxiredoxins on Aging and Disease, Antioxid Redox Signal (2018) 29, 1293-1311.
[10] Park MH, Jo M, Kim YR, Lee CK, Hong JT. Roles of peroxiredoxins in cancer, neurodegenerative diseases and inflammatory diseases, Pharmacol Ther (2016) 163, 1-23.
[11] 吕丽娜, 黄赞松, 王小超. PRDX家族蛋白与肿瘤的发生发展, 右江民族医学院学报 (2018) 40, 188-190.
[12] 孙豪, 孙晨. 过氧化物还原酶(peroxiredoxin)家族研究进展, 生命的化学 (2023) 43, 1569-1578.
[13] Stocker S, Maurer M, Ruppert T, Dick TP. A role for 2-Cys peroxiredoxins in facilitating cytosolic protein thiol oxidation, Nat Chem Biol (2018) 14, 148-155.
[14] Pastor-Flores D, Talwar D, Pedre B, Dick TP. Real-time monitoring of peroxiredoxin oligomerization dynamics in living cells, Proc Natl Acad Sci U S A (2020) 117, 16313-16323.
[15] Knoops B, Goemaere J, Van der Eecken V, Declercq JP. Peroxiredoxin 5: structure, mechanism, and function of the mammalian atypical 2-Cys peroxiredoxin, Antioxid Redox Signal (2011) 15, 817-829.
[16] Kim MH, Seong JB, Huh JW, Bae YC, Lee HS, Lee DS. Peroxiredoxin 5 ameliorates obesity-induced non-alcoholic fatty liver disease through the regulation of oxidative stress and AMP-activated protein kinase signaling, Redox Biol (2020) 28, 101315.
[17] Kim MH, Park SJ, Kim JH, Seong JB, Kim KM, Woo HA, Lee DS. Peroxiredoxin 5 regulates adipogenesis-attenuating oxidative stress in obese mouse models induced by a high-fat diet, Free Radic Biol Med (2018) 123, 27-38.
[18] Ji Y, Chae S, Lee HK, Park I, Kim C, Ismail T, Kim Y, Park JW, Kwon OS, Kang BS, Lee DS, Bae JS, Kim SH, Moon PG, Baek MC, Park MJ, Kil IS, Rhee SG, Kim J, Huh YH, Shin JY, Min KJ, Kwon TK, Jang DG, Woo HA, Kwon T, Park TJ, Lee HS. Peroxiredoxin5 Controls Vertebrate Ciliogenesis by Modulating Mitochondrial Reactive Oxygen Species, Antioxid Redox Signal (2019) 30, 1731-1745.
[19] Kim EK, Jang M, Song MJ, Kim D, Kim Y, Jang HH. Redox-Mediated Mechanism of Chemoresistance in Cancer Cells, Antioxidants (2019) 8, 471.
[20] Chen X, Cao X, Xiao W, Li B, Xue Q. PRDX5 as a novel binding partner in Nrf2-mediated NSCLC progression under oxidative stress, Aging (2020) 12, 122-137.
[21] Thapa P, Jiang H, Ding N, Hao Y, Alshahrani A, Wei Q. The Role of Peroxiredoxins in Cancer Development, Biology (Basel) (2023) 12.
[22] Liu Y, Wang P, Hu W, Chen D. New insights into the roles of peroxiredoxins in cancer, Biomed Pharmacother (2023) 164, 114896.

本项目关注PRDX5与TXN相互作用的难点问题,采用DNTB二硫键交联和生化酶学等多种手段,发现了PRDX5与TXN形成分子间二硫键的关键半胱氨酸残基,鉴定出参与TXN-PRDX5相互作用的关键氨基酸残基,阐明了TXN识别PRDX5的具体分子机制,能够推动本领域的研究进展。
① 技术路线
本项目的技术路线如图1所示,通过分子克隆、蛋白过表达、蛋白纯化、酶活性检测等方法,揭示TXN-PRDX5相互作用的分子基础。
summernote-img                                                                                                               
                                 图1 、本项目的技术路线

② 拟解决的问题
硫氧还蛋白TXN能够与过氧化物酶PRDX5发生相互作用并形成二硫键连接的瞬时蛋白质复合物。然而,TXN识别PRDX5的具体分子机制是尚未解决的关键科学问题。本项目主要阐明TXN与PRDX5形成分子间二硫键的机制,揭示TXN-PRDX5相互作用的关键氨基酸残基。

③ 预期成果
鉴定出PRDX5与TXN形成分子间二硫键的关键半胱氨酸残基,获得稳定态二硫键连接的TXN-PRDX5蛋白质复合物,明确了影响TXN-PRDX5相互作用的关键氨基酸残基。整理相关实验数据,发表1篇高质量研究论文。
① 2025.06-2025.12:
利用液质联用质谱LC-MS鉴定TXN-PRDX5复合物中参与二硫键形成的半胱氨酸。

② 2026.01-2026.8:
通过DTNB交联确定PRDX5的哪个半胱氨酸偏爱与TXN形成分子间二硫键,并制备大量稳定态TXN-PRDX5蛋白质复合物。

③ 2026.09-2027.06:
设计PRDX5关键氨基酸残基突变,完成突变体分子克隆与表达纯化,测定PRDX5突变体蛋白的酶催化活性,整理数据并撰写论文。
1. 重组TXN的原核表达与纯化
将编码人TXN基因的开放读码框DNA序列克隆至pET28a载体,使重组蛋白的氮端带有较短的组氨酸标签 (MGHHHHHHM),方便后续蛋白亲和纯化。利用42℃热激法转化TXN-pET28a重组质粒至大肠杆菌Rosetta (DE3)中。利用终浓度0.2 mM IPTG诱导大肠杆菌在37℃条件下过量表达TXN重组蛋白。分别经过镍亲和层析(Ni-NTA)纯化柱和分子筛层析纯化柱Superdex 75纯化后得到峰形较为对称的TXN蛋白(图2A)。将峰管对应的蛋白经SDS-PAGE后显示TXN具有较高的纯度(图2B)。根据TXN的出峰体积,并经过四种标准蛋白分子量拟合计算(图2C),结果发现TXN蛋白在溶液中主要以单体(monomer)的形式存在。

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图2、TXN的分子筛蛋白纯化与溶液聚合状态分析。(A)利用分子筛层析纯化柱Superdex 75 (16/60)的蛋白纯化图。(B)对应分子筛峰管的SDS-PAGE图。(C)根据目的蛋白的分子筛出峰体积,利用蛋白分子量标准品计算目的蛋白质分子量的拟合图。黑圆点表示蛋白分子量标准品,红圆点表示目的蛋白TXN。

2.  重组PRDX5的原核表达与纯化
将去掉信号肽的PRDX5 (氨基酸残基53-214)蛋白的相应开放读码框DNA序列克隆至pET28a载体,利用上述方法进行PRDX5重组质粒的转化和PRDX5重组蛋白的过量表达。经镍亲和层析柱纯化后,利用凝血酶在16℃的条件下过夜切除组氨酸标签,然后使用分子筛层析纯化柱Superdex 75进一步纯化得到峰形对称的PRDX5蛋白(图3A)。SDS-PAGE鉴定发现获得的PRDX5具有较高的纯度(图3B)。根据PRDX5的出峰体积,利用四种标准分子量的蛋白进行分析(图3C),表明PRDX5在溶液中主要以二聚体的形式存在。

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图3、PRDX5的蛋白纯化与溶液聚合状态分析。(A)分子筛柱Superdex 75 (16/60)纯化图。(B)对应分子筛峰管的蛋白SDS-PAGE图。(C)利用分子量标准品计算目的蛋白质分子量的拟合图。黑圆点表示分子量标准品,红圆点表示目的蛋白PRDX5。

3.  利用DTNB交联促进TXN-PRDX5间形成二硫键的设计策略
如图4所示,DTNB攻击PRDX5表面暴露的半胱氨酸形成PRDX5-TNB,然后TXN与PRDX5-TNB反应形成二硫键连接的TXN-PRDX5。

summernote-img                                                                          
                   图4、基于DTNB交联的TXN-PRDX5间形成二硫键的设计策略。

本项目依托指导教师所在的山东省慢性非传染性疾病精准医学特色实验室,此实验室隶属于济宁医学院精准医学研究院。在引进海外人才启动经费和国家自然科学基金、山东省自然科学基金的资助下,指导教师课题组已经构建了完备的生物化学、结构生物学、分子生物学、细胞生物学等研究平台。例如:AKTA蛋白质纯化层析系统,分子筛层析柱Superdex 75、Superdex 200、Superose 12,脱盐柱HiPrep 26/10,镍亲和柱HisTrap HP,蛋白结晶高通量筛选系统,高清晰度体视显微镜,低温蛋白层析柜,紫外-可见分光光度计,Nanodrop超微量核酸蛋白定量仪,高速冷冻离心机,多功能酶标仪,超声破碎仪,凝胶成像仪等。指导教师课题组具备了成熟的蛋白表达、蛋白纯化、蛋白结晶、结构解析、结构分析、酶活测定,酶动力学研究的技术与方法。
综上所述,指导教师课题组现有条件能够保障本项目的顺利完成。

经费预算

开支科目 预算经费(元) 主要用途 阶段下达经费计划(元)
前半阶段 后半阶段
预算经费总额 20000.00 14000.00 6000.00
1. 业务费 10000.00 4000.00 6000.00
(1)计算、分析、测试费 4000.00 基因合成服务费用 4000.00 0.00
(2)能源动力费 0.00 0.00 0.00
(3)会议、差旅费 0.00 0.00 0.00
(4)文献检索费 0.00 0.00 0.00
(5)论文出版费 6000.00 论文版面费 0.00 6000.00
2. 仪器设备购置费 0.00 0.00 0.00
3. 实验装置试制费 0.00 0.00 0.00
4. 材料费 10000.00 购买实验试剂、耗材费用 10000.00 0.00
结束