第一部分:通过网络药理学确定侧柏叶水提物缓解心脏衰老的核心成分,核心靶点和信号通路。
1.侧柏叶相关成分的获取与筛选
在 TCMSP 中搜索“侧柏叶”和“CE BAI YE ”,可以得到侧柏叶的相关成分,再以口服利用度(oral bioavailability, OB)≥30%,类药性(drug likeness, DL)≥0.18为条件,对侧柏叶成分进行筛选并保存侧柏叶的活性成分。
2.侧柏叶相关靶点的获取
为了寻找侧柏叶活性成分的潜在作用靶点,我们首先利用Swiss Target Prediction这一数据库进行查询。继而通过SwissADME平台来进一步筛选这些化合物,筛选的标准是胃肠道吸收(GI absorption)得分需为“high”,并且类药性(druglike-ness)至少要满足两个“Yes”的条件[1]。一旦完成筛选,我们将筛选出的化合物的SMILES结构信息输入到SwissTargetPrediction数据库中,以预测这些化学成分各自的作用靶点。Swiss Target Prediction数据库设置可信度(probability)大于0,获得侧柏叶的靶点基因数据库。
3.衰老相关靶点的获取与筛选
以“ senescence”为查询词 ,在Gene Cards和OMIM 数据库中进行查找,最后将搜索完成的2个数据库中的靶点信息进行汇总去重后,得到衰老疾病所对应的靶点。
4.“药物-成分-靶点-疾病”网络的构建分析
利用Venny 2.1.0数据库,导入了侧柏叶活性成分的靶点和衰老疾病相关的靶点基因,从而识别出侧柏叶在抗衰老过程中的潜在作用靶点。接着使用Cytoscape3.10.1软件,结合这些活性成分和筛选出的交集靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图。这一分析过程旨在明确侧柏叶中哪些核心成分对衰老疾病具有显著影响。在网络图中,节点的度(degree)反映与特定节点直接相连的节点数量,进而体现该节点所代表的活性成分的重要性。因此,我们通过分析网络中各成分的度值,识别出侧柏叶在抗衰老中的主要活性成分。
5. PPI网络的构建
将侧柏叶与衰老的交集靶点导入STRING平台,并下载文件,将文件导入Cytoscape 3.10.1,制作侧柏叶靶点-衰老靶点的蛋白互作用PPI网络图,节点大小以及颜色深浅与DEGREE值成正比,值越大颜色越深说明其作用越大。
6.侧柏叶缓解衰老相关靶点的GO和KEGG富集分析
将筛选出的交集靶点导入DAVID数据库,并导出相应文件,进行KEGG和GO通路富集分析。依据P值由小到大排序,在KEGG分析中,我们选择前20位的通路进行深入研究,GO分析时共选取了30项(BP条目、CC条目和MF条目每个种类前10项)进行分析。我们依据微生信软件要求对数据进行处理,并可视化。综合评估侧柏叶在抗衰老心脏方面的分子机制。
第二部分:通过分子对接技术预测侧柏叶缓解衰老的关键成分和核心靶点之间的亲和力,进而对网络药理学的内容进行初步验证。
为了分析侧柏叶中核心成分的分子结构及其与核心靶点的结合活性,于Pubchem数据库中,下载核心成分3D分子结构图。随后,我们将文件格式转换为PDB格式,并在Uniprot和PDB数据库中,我们查找核心靶点的结构图,并下载相应的PDB格式文件。然后,使用Pymol软件导入下载的PDB文件,并通过处理去除水分子及其他可能存在的杂质,以获得更准确的分子模型,在准备好分子模型后,我们利用AutoDockTools软件将核心成分的PDB文件和靶点的PDB文件转换为AutoDock系列软件所使用的特定格式PDBqt格式。将两个PDBqt文件导入相应的分子对接软件中,进行分子对接模拟,预测分子间的结合方式和结合能。
第三部分:通过动物实验验证侧柏叶水提物是否具有缓解心脏衰老的作用。
1.实验分组
将30只健康成年昆明种小鼠随机分为正常对照组、衰老组和侧柏叶组,正常组,皮下注射相应体积生理盐水,模型组及侧柏水提物给药组皮下注射D-半乳糖(300mg/kg),给药组灌胃侧柏叶水提物(1g/kg),连续6周。
2.观察指标
2.1通过Y迷宫实验验证侧柏叶水提物是否可以缓解衰老
因衰老常常伴有认知能力的障碍,而Y迷宫实验是考察小鼠探索行为及短期记忆能力等认知能力的常用实验手段。在本研究中,为观察侧柏叶能否改善衰老小鼠的认知能力,我们设置了Y迷宫实验,以期通过空间识别实验和自发交替反应实验观察侧柏叶水提物能够改善衰老小鼠的认知能力。
Y迷宫由三个完全相同的臂组成,实验开始时,随即指定3个相同臂为起始臂、新颖臂、其他臂,起始臂与其他臂始终打开,小鼠自由探索5min,间隔2h,打开新颖臂,记录动物进入各臂的次数、时间,将小鼠放在起始臂末端,记录10min内小鼠进入各臂的顺序,计算小鼠自主交替率。通过对比新臂探索时间、探索次数及自主交替率观察侧柏叶能否改善衰老小鼠的学习认知能力。
2.2侧柏叶水提物是否可以缓解心脏衰老
2.2.1 通过试剂盒观察侧柏叶水提物对衰老心脏心功能的影响
血清心肌酶如乳酸脱氢酶和肌酸激酶是评价心功能以及心脏损伤程度的重要指标,为观察侧柏叶水提物对衰老心脏的影响,我们检测血清乳酸脱氢酶和肌酸激酶水平,以期观察侧柏叶水提物能否改善衰老心脏的心功能。
小鼠处死前,摘除眼球取血,静置30 min后离心,取上清。按照操作说明书要求,测定血清乳酸脱氢酶(LDH)和肌酸激酶(CK)含量。
2.2.2 通过心组织β-半乳糖苷酶染色、HE、马桑、天狼猩红染色观察侧柏叶水提物对衰老心脏病理染色的影响
β-半乳糖苷酶染色是检测衰老组织的特异性染色,而心脏衰老时也会伴随着心肌细胞的形态学变化,为全面评估桑黄水提物对衰老心脏的影响,我们将对心肌进行β-半乳糖苷酶染色、HE染色、马桑染色以及天狼猩红染色。
小鼠心脏组织经固定、脱水、包埋以及切片预处理后,按照试剂盒的要求对心肌组织进行β-半乳糖苷酶染色、HE染色、Masson染色以及天狼猩红染色,为了更精确地评估心肌细胞形态的变化和心肌间质纤维化的程度,我们采用显微镜图像分析仪以及ImageJ图像分析系统,帮助我们量化分析心肌间质纤维化的程度。
第四部分:通过动物实验观察侧柏叶水提物是否通过抑制氧化应激缓解心脏衰老。
1.实验分组
同上
2.观察指标
氧化应激是引起衰老的关键因素,为观察侧柏叶水提物对衰老心脏氧化应激的影响,我们进行心肌冰冻切片二氢乙锭荧光探针染色检测ROS水平,并对心肌组织进行MDA水平检测,以期观察侧柏叶水提物能否通过抑制氧化应激缓解心脏衰老。
2.1 通过二氢乙锭荧光探针检测心肌ROS水平
包埋新鲜心肌组织,进行冰冻切片,根据说明书配制DHE工作液,覆盖DHE工作液,37℃恒温避光孵育,PBS进行洗涤,用抗荧光淬灭剂进行封片观察。.
2.2通过试剂盒检测心肌MDA水平
选取各组小鼠心脏组织放入组织研磨仪中研磨为匀浆后,根据丙二醛(MDA)试剂盒的操作说明书测定得心肌中MDA含量。
第五部分; 通过western blot、qRT-PCR以及免疫荧光染色等实验手段观察侧柏叶水提物是否通过增强PI3K/AKT/BCL-2通路的活性,而发挥对抗衰老的作用。
1.实验分组
同上
2.观察指标
我们前期网络药理学的研究表明,癌症相关通路和PI3K/AKT通路是侧柏叶作用于衰老的主要信号通路,结合核心靶点,PI3K/AKT/BCL-2通路中所占核心靶点的数目较多,因此我们最终选定PI3K/AKT/BCL-2通路进行验证。
2.1 通过western blot 检测心肌p-PI3K、p-AKT1、BCL-2蛋白表达水平
正常对照组、衰老组、侧柏叶组各取20 mg组织,按照比例加入裂解液,进行匀浆,离心,提取蛋白样品,用BAC法测定蛋白浓度,剩余的蛋白,按样品:5×SDS蛋白上样缓冲液=4:1加入蛋白上样缓冲液(loading buffer),放在金属浴加热器加热,加热后取出分装,配制上下层胶,凝胶上样,电泳转膜,室温封闭液封闭1.5h,用脱脂奶粉、TBS-T配一抗(1:1000),4℃孵育过夜,摇床摇晃,TBS-T洗膜三次,每次十分钟,用TBS-T稀释二抗,孵育2h,TBS-T缓冲液洗涤PVDF膜3次,配制显影液,显影曝光。
2.2 通过qRT-PCR检测心肌PI3K、AKT1、BCL-1mRNA水平
采用Trizol法提取小鼠心脏总RNA,使用Hiscript Ⅲ 1st strand CDNA synthesis试剂盒合成cDNA。以β-actin为内参,使用ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix进行PCR扩增。
2.3 通过免疫荧光染色检测心肌P-AKT1表达情况
将心肌石蜡切片脱蜡至水后,放在EDTA抗原修复缓冲液(pH 8.0)中并于微波炉内进行抗原修复,用组化笔在切片周围画圈并在圈内滴加3%BSA孵育30 min,加一抗4 ℃孵育过夜,加二抗室温避光孵育50 min,DAPI复染细胞核,抗荧光淬灭剂封片,荧光显微镜下拍照,Image J分析数据。