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基于 AID 系统调控疟原虫有性生殖的研究

申报人:郭晓芮 申报日期:2025-03-16

基本情况

2025创新项目
基于 AID 系统调控疟原虫有性生殖的研究 学生申报
创新训练项目
医学
基础医学类
学生来源于教师科研项目选题
二年期
疟疾是全球重大公共卫生问题之一,疟原虫耐药性和蚊虫抗药性使其防控面临严峻挑战。疟原虫有性生殖阶段是其传播的关键环节,AP2-G转录因子在配子体生成中起核心调控作用。本研究拟以鼠疟原虫为模型,创新性构建基于生长素诱导降解(Auxin-Inducible Degradation, AID)系统的基因工程疟原虫,通过生长素诱导实现 AP2-G 蛋白表达水平的精准调控,进而实现对疟原虫有性生殖过程的人工干预。研究内容包括:构建AID系统调控AP2-G的基因工程疟原虫;利用蛋白免疫印迹检测AP2-G蛋白被调控的情况;通过配子体计数和动合子培养评估有性生殖调控效果。目前已完成疟原虫密码子优化的OsTIR1及AID标签基因合成,并成功构建了稳定表达OsTIR1-9Myc的基因工程疟原虫P.bOsTIR1。经小鼠感染实验和统计学分析,P.bOsTIR1具有与野生型疟原虫相似的生物特性,可作为后续AID系统的工具虫株。本研究创新性地将AID系统应用于疟原虫有性生殖调控,为阐明疟原虫性承诺机制提供新方法,同时为有性阶段疟疾疫苗研发和子孢子减毒活疫苗生产提供创新技术支撑。

       曾在实验室使用荧光显微镜、高速冷冻离心机、PCR仪、电泳系统、凝胶成像系统、培养箱等常规设备和小型仪器设备,参与项目研究日常的需要。曾参与过环境卫生学相关项目,使用公共数据库(CTD数据库、GeneCards等)进行数据检索工作。日常进行文献的查阅与论文的撰写等工作。

       本项目指导教师杜峰博士,毕业于中国医科大学病原生物学专业,2016年入职济宁医学院基础医学院工作,主持济宁医学院博士科研启动基金项目、济宁医学院青年教师科研扶持基金项目、济宁医学院国家自然科学基金培育项目、山东省自然科学基金项目和贺林院士新医学临床转化工作站科研基金项目各1项,参与国家自然科学基金面上项目1项。指导大学生创新训练计划项目国家级1项,校级1项。
指导教师承担科研课题情况
1.2019.01-2021.12,多阶段防护基因工程减毒疟疾活疫苗的构建及其免疫效应研究,贺林院士新医学临床转化工作站科研基金项目,主持;
2.2019.01-2021.12,基于BCG为载体的疟疾传播阻断疫苗的构建及其免疫效应研究,济宁医学院青年教师科研扶持基金项目,主持;
3.2018.03-2020.06,EBL条件敲除和P48/45表达多阶段防护基因工程疟原虫对宿主免疫作用效应的研究,山东省自然科学基金项目,主持;
4.2018.01-2020.12,疟原虫重组BCG-GAMA疫苗构建及其免疫活性的研究,济宁医学院国家自然科学基金培育项目,主持;
5.2017.01-2020.12,基因减毒疟疾活疫苗的研究,济宁医学院博士科研启动基金项目,主持;
6.2015.01-2018.12,疟原虫新型分子—TIP对宿主脑型疟疾免疫调节作用及其机制的研究,国家自然科学基金面上项目,参加。
1.指导团队对疟疾和基因编辑技术相关知识的学习,认识本研究的相关背景,已完成基因编辑技术相关的1篇综述书写,在指导老师的帮助下,完成研究设计,并参加了国家生命科学竞赛。
2.指导老师已发表疟原虫研究相关文章数篇,熟练掌握本项目所需的实验技术包括打靶载体的构建、疟原虫的培养、荧光定量PCR的检测、免疫荧光实验、蛋白印迹实验、ELISA以及流式细胞技术等,可为本项目提供理论知识和技术指导。
3.指导教师所在济宁医学院基础医学院具有山东省“十三五”高校重点实验。并且基础医学院建设的公共实验平台配有流式细胞仪、体视显微镜、Bio-Rad梯度PCR仪、罗氏荧光定量PCR仪、Bio-Rad电泳仪、Bio-Rad凝胶成像仪、Nikon倒置显微镜、Nikon荧光倒置显微镜、超净工作台、恒温摇床、液氮罐、超声破碎仪、高速冷冻离心机、低速冷冻离心机、酶标仪等常规设备。并设有形态学实验室、细胞生物学实验室、生物化学与分子生物学实验室、细胞培养室等研究平台。本教研室亦建有P2实验室,能够满足本项目的基本实验操作。学院的实验平台和仪器设备能够保障本项目的顺利完成。
省级

项目成员

序号 学生 所属学院 专业 年级 项目中的分工 成员类型
郭晓芮 公共卫生学院 预防医学(本科) 2023 组织完成项目申报,跟进项目实施的全过程
李欣雨 公共卫生学院 预防医学(本科) 2023 疟原虫有性生殖被调控的检测
郭英迪 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2023 蛋白AP2-G被调控水平的检测
王潇帆 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2023 疟原虫的电转染及基因型鉴定
熊鑫婷 临床医学院(附属医院) 临床医学(本科) 2023 打靶载体的构建

指导教师

序号 教师姓名 所属学院 是否企业导师 教师类型
杜峰 基础医学院
王姗姗 精准医学研究院

立项依据

       疟疾作为全球最重要的公共卫生问题之一,与艾滋病、结核病并列为需要重点关注和全力攻克的三大传染病。疟原虫的耐药、蚊虫的抗药、高效疫苗的缺乏及全球气候变化等因素,使疟疾防控面临巨大挑战。在疟疾感染期间,红内期疟原虫可沿着两条不同的路径发育:一是进行无性裂体增殖,以维持感染状态;二是分化为配子体,进入蚊体内继续发育,最终导致疾病的传播。有性阶段是疟原虫生活史过程的一个瓶颈环节,对疟疾控制至关重要,但配子体的发生过程仍然知之甚少,部分原因在于实验室条件下难以产生大量配子体。此外,基于子孢子的全虫抗感染疫苗的制备也需要经历有性阶段的发育。近期研究发现,一种含有AP2结构域的转录因子(AP2-G)在多种疟原虫物种中被证实对于配子体的生成发挥着关键作用,它作为表观遗传调控的主要开关,负责启动配子体发生过程。本研究以伯氏疟原虫(Plasmodium berghei)为模型,借助强组成型HSP70启动序列驱动AP2-G的过表达,再利用AID系统的特异、快速诱导蛋白降解功能,调控AP2-G蛋白水平,以实现可控性的同步将绝大多数红内期疟原虫转化为可有性生殖的配子体。
1. 构建AID系统调控AP2-G蛋白水平的基因工程疟原虫
       AP2-G是调节疟原虫配子体形成的关键蛋白因子。本实验将利用AID蛋白诱导降解系统调控HSP70强组成型启动序列驱动下的AP2-G水平,实现AP2-G蛋白水平的可调控性。为此,依据同源重组双交叉法,选取伯氏疟原虫非必需基因P230作为基因组修饰位点,设计打靶载体pOsTIR1-230dco。经转染疟原虫裂殖体、感染小鼠、药物筛选、基因型鉴定和克隆获取目标基因重组疟原虫。再依据药物筛选基因处的DNA序列信息,设计打靶载体pEASY-T5-AP2-AID,同样操作实现AP2-G-AID基因替换药物筛选基因,以构建AID系统调控AP2-G蛋白水平的基因工程疟原虫P.bOsTIR1/AP2g-AID
2. 检测AID系统调控前后AP2-G蛋白的水平
       为了评估AID系统对AP2-G的调控情况,分别在使用生长素和停用后1个红内期循环的若干节点取感染小鼠尾血,提取疟原虫全虫蛋白,蛋白免疫印迹分析AP2-G的蛋白水平。
3. 检测基因工程疟原虫AID系统调控下配子体的形成情况
       在AP2-G蛋白水平可调控的基础上,评估调控对疟原虫配子体形成的影响。分别在用药时及停药后的1个红内期循环内的若干节点取血,涂片,染色,显微镜下计数配子体的数量和比例。然后选取配子体相对较多的时间节点进行动合子培养,评估配子体的完成有性生殖的能力。
1.疟疾流行现状
       疟疾是疟原虫经媒介按蚊传播引起的一种广泛流行的严重威胁人类健康的传染性寄生原虫疾病。根据世界卫生组织(WHO)发布的2024年全球疟疾报告,2023年全球范围的疟疾病例约为2.63亿例,因疟疾而死亡的人数达59.7万[1]。由于疟原虫对抗疟疾药物的耐药性以及蚊虫对杀虫剂的抗药性不断产生和扩散,加之全球气候变化和高效疟疾疫苗的缺乏,导致疟疾的防治形势依然十分严峻。我国虽于2021年通过了WHO消除疟疾认证[2],但由于与我国接壤的部分国家疟疾流行情况复杂,特别是云南中缅边境缅甸一侧疟疾疫情出现暴发式增长态势,我国同时面临经航空器跨国境和经陆地邻国跨边境输入疟疾与继发传播的风险。
2.理解疟原虫有性发育的重要性
       疟原虫的生活史比较复杂,以恶性疟原虫为例,其发育需要人和按蚊2个宿主,在人体内的发育分为肝期(红外期)、无性红细胞内寄生阶段(红内期)和有性发育的前段配子体阶段;在按蚊胃内完成有性生殖,雌、雄配子结合形成合子,进一步转化为动合子并在蚊胃弹性纤维膜下形成卵囊,最终产生大量子孢子。在温度降低、碱性环境及配子激活因子(如黄尿酸)作用下,配子体外围的内膜复合物结构被分解,进而向后发育为雌、雄配子。疟原虫在宿主体内经历了复杂的生命周期,其中性发育阶段是疟疾传播的关键环节。性发育阶段产生的配子体可以在蚊子体内继续发育,最终导致疾病的传播。由于缺乏对疟原虫生长的分子机制的了解,极大地限制了抗疟药的发展,因此,阐明疟原虫发育的分子机制非常重要[3]。而到目前为止,大多数临床使用和研究阶段的抗疟药都针对无性血液阶段,传播阻断药物的应用和研究缺乏且不足[4]。因此,理解性发育的分子机制对于控制疟疾传播具有重要意义。同济大学张青锋等团队研究揭示了m5C修饰与配子体发育相关,NSUN2同源物在m5C修饰中起主要作用。m5C修饰可能通过稳定mRNA转录本,在疟原虫性发育和蚊虫感染阶段发挥重要作用。未来对疟原虫性承诺等有性生殖相关阶段的进一步研究,有望为阻断疟疾传播提供新的分子靶点和思路。
3.疟疾传播阻断疫苗的研究
       传播阻断疫苗是防控疟疾的可行方法之一,其原理是借助疟原虫有性发育阶段的表面抗原免疫机体,产生特异性抗体,当蚊虫吸食含抗体血液时,可阻断疟原虫在蚊虫体内的有性发育和孢子增殖,进而阻断疟原虫在人与人之间传播。部分传播阻断疫苗(Pfs25-EPA/Alhydrogel®)已进入人体临床试验阶段,靶向配子体表面抗原的Pfs230和Pfs48/45疫苗正准备开展临床试验[5]。此外,基于有性发育阶段重要蛋白Pb37和Pb33制备的重组疫苗,免疫小鼠后能有效阻断疟原虫在按蚊体内有性发育,使卵囊产量显著下降[6]。但是,有性发育阶段相关疫苗和药物的研发还处于研究阶段,数量较少,效果参差不齐,距离实际应用还有一定距离。
       在性别决定机制方面,有研究表明PfArid是调控疟原虫性别决定的关键蛋白,部分配子从无性周期分化时的性别或受其调控。由于单倍体疟原虫缺乏性染色体,阻碍了对有性转化和性别决定时机的研究[7]。一直以来,性别决定发生的时间始终存在争论。性别决定可能与有性转化同时发生[8],也可能在有性转化以后发生。现有发现仍不足以完全揭示疟原虫是如何从无性发育过度到有性发育,未来还需继续探索疟原虫进行有性发育的具体分子机制,以推动此阶段疫苗和药物的研发。
4.AP2-G转录因子的研究现状
       目前已发现许多基因调控蛋白在疟原虫有性分化、性别决定、配子体发育和配子发生过程发挥作用,但仍有许多问题需要阐明。研究显示疟原虫的有性发育受转录调控,其中疟原虫转录调控因子ApiAP2家族成员AP2-G是配子体发生的关键调节因子之一。AP2结构域最初在植物中被发现,是长度约为60个氨基酸的DNA结合结构域,在植物中,转录因子AP2家族是最大的家族之一,在发育调控和应激反应中发挥着关键作用。疟原虫含有26~27个ApiAP2因子,每个因子含有1~3个AP2结构域[9]。ApiAP2家族介导的转录调控机制因其具有结合多种不同基序的能力而更复杂。ApiAP2家族功能和机制的研究均表明,ApiAP2蛋白在疟原虫生活周期的多个阶段特异性地调控基因转录[10-12]。若条件性敲除该基因,会致使P.berghei无法进入有性发育阶段。而对于AP2-G2缺失的疟原虫,尽管能够从无性阶段分化至有性阶段,却在展现出性别特异性特征之前就停止了进一步发育。此外,M.Yuda等人开展的实验揭示了一个关键信息,即在配子细胞发生的初始阶段,整体转录抑制是疟原虫性发育过程中的重要步骤[13]。而AP2家族转录因子AP2-FG在伯氏疟原虫雌性配子细胞发育中起关键作用,通过控制雌性特异性基因表达,促进早期配子细胞向成熟雌性分化[14]。袁晶课题组发现雌配子体转录抑制因子AP2-O3,其特异表达并定位于雌配子体细胞的细胞核,缺失会阻断疟原虫按蚊传播,致使雌配子体性别特异的转录组紊乱,揭示了转录因子调控配子体性别决定的关键机制[15]。A.I.Abdi等人研究发现,疟疾寄生虫会根据传播强度调整繁殖与传播策略:在高传播环境中,寄生虫“投资”复制;而在低传播环境中,寄生虫增加对传播的“投资”,表现为AP2-G和Pfsir2a基因转录水平升高。宿主炎症反应和营养状态(如LPC水平)的变化可能是触发寄生虫适应性转换的关键因素。这些结果揭示了疟疾寄生虫的动态适应机制,对疟疾控制和消除具有重要意义[16]。同时,GabrielleA.Josling等人揭示了PfAP2-G(属于ApiAP2家族)通过动态结合配子体和无性发育相关基因的启动子,调控寄生虫的性承诺和配子体发生。其与PfAP2-I的相互作用和对侵袭基因的调控揭示了其在寄生虫生命周期中的复杂功能,可能增强DNA结合能力并激活基因转录,为开发新型抗疟策略提供了重要理论基础[17]。近期,国内相关研究发现,组蛋白去乙酰化酶PfHDA1和PfHDA2具备负向调节配子体生成的功能,其基因缺失会使PfAP2-G上调,进而引发配子体相关基因上调以及配子体数量增多[18]。
       此外,PbAP2-G2作为转录因子AP2-G的下游基因,在疟原虫发育过程中具有重要作用。敲除PbAP2-G2对疟原虫有性转化没有影响,但会使成熟配子体数量显著减少[18]。染色质免疫共沉淀测序分析发现,PbAP2-G2的靶基因约占整个基因组的30%,大多为疟原虫无性增殖所必需[19]。敲除PbAP2-G2会导致大量基因转录上调,其中约70%是PbAP2-G2的预测靶基因。这一系列结果说明,PbAP2-G2在疟原虫发育过程中扮演转录抑制因子的角色,它能够阻碍疟原虫的无性增殖循环,同时促进疟原虫向有性阶段转化。基于以上已有研究,本课题组通过构建疟原虫的AID系统来调控AP2-G蛋白水平,以期探索疟原虫有性生殖的可控性调控方法,为疟原虫的有性发育研究和疟疾疫苗研发提供新技术。

参考文献
[1] WHO, World malaria report 2024[R]. Geneva: World Health Organization, 2024.
[2] 张佳欣. 中国正式获世卫组织消除疟疾认证 [N]. 2021-07-05.
[3] SU X Z, LANE K D, XIA L, et al. Plasmodium Genomics and Genetics: New Insights into Malaria Pathogenesis, Drug Resistance, Epidemiology, and Evolution [J]. Clin Microbiol Rev, 2019, 32(4).
[4] YU S, WANG J, LUO X, et al. Transmission-Blocking Strategies Against Malaria Parasites During Their Mosquito Stages [J]. Front Cell Infect Microbiol, 2022, 12: 820650.
[5] DUFFY P E. Transmission-Blocking Vaccines: Harnessing Herd Immunity for Malaria Elimination [J]. Expert Rev Vaccines, 2021, 20(2): 185-98.
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[7] SMITH T G, WALLIKER D, RANFORD-CARTWRIGHT L C. Sexual differentiation and sex determination in the Apicomplexa [J]. Trends Parasitol, 2002, 18(7): 315-23.
[8] SILVESTRINI F, ALANO P, WILLIAMS J L. Commitment to the production of male and female gametocytes in the human malaria parasite Plasmodium falciparum [J]. Parasitology, 2000, 121 Pt 5: 465-71.
[9] BALAJI S, BABU M M, IYER L M, et al. Discovery of the principal specific transcription factors of Apicomplexa and their implication for the evolution ofthe AP2-integrase DNA binding domains [J]. Nucleic Acids Res, 2005, 33(13): 3994-4006.
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[13] YUDA M, IWANAGA S, KANEKO I, et al. Global transcriptional repression: An initial and essential step for Plasmodium sexual development [J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 2015, 112(41): 12824-9.
[14] YUDA M, KANEKO I, IWANAGA S, et al. Female-specific gene regulation in malaria parasites by an AP2-family transcription factor [J]. Mol Microbiol, 2020, 113(1): 40-51.
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[16] ABDI A I, ACHCAR F, SOLLELIS L, et al. Plasmodium falciparum adapts its investment into replication versus transmission according to the host environment [J]. Elife, 2023, 12.
[17] JOSLING G A, RUSSELL T J, VENEZIA J, et al. Dissecting the role of PfAP2-G in malaria gametocytogenesis [J]. Nature Communications, 2020, 11(1).
[18] 陈禹希. PfHDAC1 和 PfHDA1 在恶性疟原虫无性期和配子体期生长发育过程中的转录调控研究 [D], 2022.
[19] SINHA A, HUGHES K R, MODRZYNSKA K K, et al. A cascade of DNA-binding proteins for sexual commitment and development in Plasmodium [J]. Nature, 2014, 507(7491): 253-7.
1.项目创新点
1.1创新性地构建基因工程疟原虫模型,精准调控疟原虫配子体生成
       本项目巧妙运用生长素诱导的降解子AID(Auxin-InducibleDegradation)系统,通过同源重组双交叉法,构建P.bOsTIR1/AP2g-AID基因工程疟原虫模型,以实现对疟原虫配子体生成的条件性精准调控。AID系统作为一种高效研究蛋白质功能的蛋白质降解工具,凭借其特异且快速的诱导蛋白降解能力,实现对疟原虫关键转录因子AP2-G蛋白水平的精准调控。该技术突破了传统基因敲除或过表达的静态调控局限,可在时间维度上动态控制AP2-G的降解与恢复。这一创新性技术手段,将使得绝大多数红内期疟原虫能够可控且同步地转化为具有有性生殖能力的配子体,有效攻克了传统方法在大量产生配子体方面所面临的难题。为深入探究疟原虫性发育过程中关键环节(性承诺)提供便利。
1.2为传播阻断疫苗研发和高产量获取子孢子全虫疫苗提供虫株
       在疟疾疫苗研究领域,尽管临床前和临床研究已证实完整子孢子疫苗具备良好的免疫原性,并在某些情况下能够提供预防疟疾的保护作用,然而,大量获取子孢子的传统方法仍面临配子体产量低、发育异步等瓶颈问题。针对这一难题,本研究开发的疟原虫有性发育调控技术展现出巨大的潜力,通过AID系统对AP2-G的条件性调控,实现了疟原虫配子体的高效同步化生产,可为筛选有性阶段传播阻断疫苗抗原提供基础,并有望成为高产量获取子孢子全虫疫苗的有效途径。这一创新性解决方案,不仅为疟疾疫苗的研制提供了全新的思路和方法,而且有望为全球疟疾防控事业注入新的活力,提供强有力的科技支撑,助力全球疟疾防控目标的实现。

2.项目特色
2.1实验工具的高度创新性
       项目将开发基于AID系统条件性调控AP2-G水平的基因工程疟原虫模型,通过生长素诱导AP2-G蛋白快速降解,实现了AP2-G蛋白的可控表达以及同步化配子体生成。该工具具有高效、精准、可逆等显著特点,不仅为疟原虫研究领域提供了全新的技术手段,拓宽了研究视野,也为其他寄生虫研究提供了极具价值的借鉴方法。
2.2基因工程策略的显著精准性
       项目设计双打靶载体(pOsTIR1-230dco和pEASY-T5-AP2-AID),采用“基因插入/标记去除”策略(GeneInsertion/MarkerOut,GIMO),将强组成型启动子HSP70与AID系统整合至疟原虫基因组中。这一策略不仅实现了AP2-G的高效表达与可控性的快速降解,还避免了药物筛选标记的残留,为疟原虫基因编辑提供了高精度、低背景的技术范式,显著提高了实验的可操作性和成功率。
2.3应用前景的明确导向性
       本项目通过引入AID系统,实现了对疟原虫有性生殖过程的精准调控,为疟原虫有性生殖的基础科学研究提供了全新的工具和方法。同时,针对疟原虫耐药性、疫苗缺乏等实际应用难题,开展了创新性研究,具有明确的应用导向和社会价值。研究成果有望为全球疟疾防控事业提供新的解决方案,从疟原虫有性生殖调控、疫苗研发等多个角度发力,助力全球疟疾防控工作取得实质性进展,为保障全球公共卫生安全贡献重要力量。
1. 技术路线
1.1 打靶载体构建路线图
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图 1 打靶载体构建路线图
注:紫色路线为质粒 pOsTIR1-230dco 的构建过程;黑色路线为质粒 pEASY-T5-AP2-AID
的构建过程

1.2 基因工程疟原虫 P.bOsTIR1 /AP2g-AID 构建路线图
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图 2 基因工程疟原虫 P.bOsTIR1 /AP2g-AID 构建路线图

1.3 基于 AID 系统调控 AP2-G 蛋白水平及配子体形成评估
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图 3 基于 AID 系统调控 AP2-G 蛋白水平及配子体形成评估路线图

2.拟解决的问题及预期成果
2.1 构建 P.bOsTIR1 虫株,建立伯氏疟原虫内源蛋白诱导降解的 AID 系统。
2.2 构建 P.bOsTIR1/AP2g-AID 虫株,实现疟原虫配子体形成的可调节性。
2.3 预期发表期刊论文 1 篇或申请发明专利 1 项。
时间    实验安排
2025.06-2025.07
   完善实验设计,设计打靶载体构建所用引物,合成 POsTIR1 和 PIAA17 基因序列
2025.08-2025.12
   构建打靶载体 pOsTIR1-230dco 和 pEASY-T5-AP2-AID
2026.01-2026.06
   构建基因工程疟原虫 P.bOsTIR1 /AP2g-AID
2026.07-2026.12
   基因工程疟原虫 AP2-G 蛋白水平的检测和配子体诱导调控及发育情况分析
2027.01-2027.06   
   整理数据,申请专利,书写论文,完成项目结题
 
1.已取得的实验成果
1.1 OsTIR1-9Myc和AID基因的密码子优化及合成
       前期通过查阅文献与资料,我们已经在YeastGeneticResourceCenter网站获取OsTIR1-
9Myc和AID的DNA序列信息,并基于疟原虫的密码子使用偏好进行了密码子优化(如图4、图5所示),已由公司合成。

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图 4 密码子优化图(OsTIR1-9Myc)

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图 5 密码子优化图(AID)

1.2 打靶载体构建所需引物的设计及合成
       在本实验已有载体PL0034和pEASY-T5-HSP70case的基础上,根据图1打靶载体构建路线图,借助VectorNTI软件和Primer-BLAST网站,并依据无缝克隆技术,成功设计构建打靶载体pOsTIR1-230dco和pEASY-T5-AP2-AID所需的引物(如表1所示)。

表 1 打靶载体构建相关引物
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1.3 基因工程疟原虫P.bOsTIR1的构建
       已成功构建打靶载体pOsTIR1-230dco,测序验证无误,质粒图谱见图6A。将其线性化后(图6B),电转染至伯氏疟原虫裂殖体,经乙胺嘧啶筛选,PCR基因型鉴定和克隆,最终成功获取靶位点处同源重组的基因工程疟原虫P.bOsTIR1(同源重组示意图见图7A)。PCR基因型鉴定结果见图7B,以疟原虫P.bOsTIR1基因组为模板,PCR扩增出跨同源臂的重组型目的条带,大小分别是1.7kb和1.9kb,与预计大小一致,表明OsTIR1-9Myc表达盒成功整合至靶位点。对照组以P.bWT基因组为模板,PCR产物电泳后,无重组型条带,野生型的条带大于分子量标准2.5kb的条带,与预计的3.2kb大小相符。为验证OsTIR1-9Myc能否在5’pbeef1α的调控下表达,使用P.bOsTIR1的全虫蛋白进行蛋白免疫印迹实验,结果见图7C,疟原虫P.bOsTIR1在约78kDa处有与Myc单克隆抗体的杂交条带,与OsTIR1-9Myc的预测分子量(OsTIR1约65kDa加上9×Myc标签约13kDa)相符,P.bWT全虫蛋白的对照组未检测到相应条带,从而排除内源性蛋白的非特异性结合。实验结果表明,构建的P230靶位点同源重组的基因工程虫种P.bOsTIR1可以借助5'pbeef1α启动子驱动OsTIR1-9Myc的稳定表达。
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图6 pOsTIR1-230dco质粒图谱及线性化结果
注:A.质粒pOsTIR1-230dco的图谱,KanR和AmpR为卡那霉素和氨苄青霉素抗性基因编码序列;B.SacⅡ线性化质粒pOsTIR1-230dco的琼脂糖凝胶电泳成像图,M为DNA分子量标准DL15000,1为酶切产物样品,2为重复实验样品。
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图7 基因工程疟原虫P.bOsTIR1的构建示意图及其鉴定
注:A.位点处同源重组示意图,其中pb230p(1)和pb230p(2)为同源臂,DCO(doublecross-over)双交叉;B.基因型PCR鉴定结果,M为DNA分子量标准DL15000,1、2、3、4分别对应鉴定引物TIR1-P1、TIR1-CXR2、T5-HSP70-3UF和TIR1-P4;C.a图使用鼠源Myc单克隆抗体作为一抗,b图使用鼠源抗疟原虫HSP70血清为一抗,M为预染蛋白分子量标准,P.bOsTIR1代表其全虫蛋白的样品,P.bWT为对照组。

1.4 疟原虫P.bOsTIR1的生物特性验证
       基因工程疟原虫P.bOsTIR1成为AID系统重要工具虫株的先决条件,除了稳定表达OsTIR1之外,还需具有与P.bWT相似的生物特性。为分析P.bOsTIR1的生物特性,将其感染BALB/c小鼠,观察红细胞内各期的形态特点、小鼠的疟疾血症和存活时间,评估红细胞内期的生物特性;体外动合子培养以完成有性生殖过程,通过动合子形态观察及计数评估其有性生殖能力。与P.bWT对照组比较,P.bOsTIR1的滋养体、裂殖体和配子体形态均与P.bWT无明显不同(图8A)。分别感染P.bOsTIR1和P.bWT的两组小鼠的疟疾血症亦无显著区别(图8B),均在感染后的第2天检测到iRBC,并均在第17天红细胞感染率达到峰值,P.bOsTIR1感染组达75.7%±11.2%,P.bWT组为72.4%±12.5%,峰值之间无统计学意义(t=0.447,P=0.667)。两组小鼠自红细胞感染率达到峰值后开始陆续出现死亡,至20日均无存活小鼠,两组感染小鼠的生存曲线相似,中位生存时间均为19天(图8C),Log-rank检验分析无统计学差异(χ²=0.354,P=0.552)。体外动合子培养实验显示P.bOsTIR1能够有效的完成有性生殖及动合子转化,其最终形成的动合子在显微镜下的形态与P.bWT组无明显不同之处(图9),并且在感染第5天各取相同体积鼠疟血液培养,两组形成的动合子数亦无统计学差异(t=0.245,P=0.813)(图9)。总体上,P.bOsTIR1生物特性分析的实验结果表明,其具有P.bWT相似的生物特性,可作为AID系统的重要工具虫株,用于疟原虫蛋白功能的研究。
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图8 红细胞内疟原虫的形态及小鼠感染情况分析
注:A.红细胞内疟原虫的形态观察,吉姆萨染色,放大倍数1000;B.两组小鼠红细胞感染率变化情况;C.两组小鼠的生存率变化情况。
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图9 动合子的形态及其转化分析
注:左侧为相同培养条件下,0.5μL培养物内的动合子数量;右侧为P.bWT、P.bOsTIR1动合子培养后,吉姆萨染色,1000倍下的形态观察。

1.5 打靶载体pEASY-T5-AP2-AID的成功构建
       同样密码子优化AID基因序列,并加入3HA标签(以部分互补的引物3HA-F和3HA-R进行PCR扩增获取3HA标签DNA序列),交公司合成。以pEASY-T5-HSP70case为模版,PCR获取含HSP70UTR的载体区段(用于与AID-3HA连接),PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳后,成像可见目的条带(如图10所示)。采用无缝克隆方法构建质粒pEASY-T5-AID后,转化铺板,过夜培养,再随机选取3个菌落使用引物AID-BF和3HA-R进行菌落PCR鉴定,经1%琼脂糖凝胶电泳可见0.8kb大小条带,与预计结果一致(如图11所示)。再以伯氏疟原虫(P.b)基因组为模板,使用引物AP2-G-BF和AP2-G-BR扩增AP2-G基因区段。在已构建质粒pEASY-T5-AID的基础上,提取质粒并BamHⅠ酶切,琼脂糖凝胶电泳(如图12所示)与PCR获取的AP2-G基因片段进一步无缝克隆构建质粒pEASY-T5-AP2-AID,转化铺板,过夜培养,选取2个菌落进行菌落PCR鉴定,与预计结果一致(如图13所示)。至此,打靶载体pEASY-T5-AP2-AID的构建已基本完成,将进一步测序验证。
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图10 PCR产物琼脂糖凝胶电泳成像
注:M为DL15000;A1为pEASY-T5-HSP70UTR载体区段;B1为AID-3HA;C1为AP2-G
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图11 pEASY-T5-AID菌落PCR产物的琼脂糖凝胶电泳
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图12 pEASY-T5-AID的BamHⅠ酶切产物琼脂糖凝胶电泳成像
注:M为DL15000;1为pEASY-T5-AID的BamHⅠ线性化片段
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图13 pEASY-T5-AP2-AID菌落PCR产物的琼脂糖凝胶电泳图

1.6 与本项目直接相关的生物信息学分析网址与软件
疟原虫数据库:https://plasmodb.org
目的基因获取网址:https://depts.washington.edu/yeastrc/
GenSmartTM密码子优化(VersionBeta1.0):https://www.genscript.com.cn/tools/gensmart-codonoptimization
分子克隆和基因组组装的软件:VectorNTIAdvance11.5
引物设计网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primerblast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome
数据处理分析软件:GraphPad
1.实验设计具有理论可行性
       本研究设计前查阅的大量文献,分析了实验实施的理论可行性,基因编辑技术和AP2-G相关的研究等环节均进行了文献查证。
2.团队具有一定的科研基础
       团队成员已跟随指导教师及在其他教师的指导下学习了生命科学相关的一些实验技术,学习了实验室安全相关的要求及注意事项,具备自主学习开展实验的能力。
3.学院具有完成项目的充沛条件
       指导教师所在教研室拥有设施完善的P2生物安全实验室,可完成分子克隆、合子/动合子培养等日常研究的需要。同时,本校拥有省重点实验室、“泰山学者”实验室和技术平台,这些实验室拥有激光共聚焦显微镜、实时定量PCR、荧光共振能量转移分析系统、生物发光共振能量转移分析系统、小动物活体成像系统等先进仪器设备,为本项目的开展提供了可靠的硬件保证。此外,本项目团队成员是由2个专业的5位同学共同组成,本项目团队成员搭配合理,能够各自发挥跨专业优势特长,相互协作,共同完成本项目的各项实验。

经费预算

开支科目 预算经费(元) 主要用途 阶段下达经费计划(元)
前半阶段 后半阶段
预算经费总额 20000.00 12500.00 7500.00
1. 业务费 6000.00 2500.00 3500.00
(1)计算、分析、测试费 2000.00 基因合成、基因测序等 2000.00 0.00
(2)能源动力费 0.00 0.00 0.00
(3)会议、差旅费 500.00 参加国内学术交流会2-3次(线上),参加实验创新大赛等 500.00 0.00
(4)文献检索费 0.00 0.00 0.00
(5)论文出版费 3500.00 论文发表版面费等 0.00 3500.00
2. 仪器设备购置费 0.00 0.00 0.00
3. 实验装置试制费 0.00 0.00 0.00
4. 材料费 14000.00 购买实验用鼠、各类试剂盒、培养基、生长素等试剂和吸头、离心管等耗材 10000.00 4000.00
结束