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天冬氨酸内肽酶ASP-13介导维生素B12代谢途径调节线虫衰老和认知

申报人:石永琪 申报日期:2025-02-12

基本情况

2025创新项目
天冬氨酸内肽酶ASP-13介导维生素B12代谢途径调节线虫衰老和认知 学生申报
创新训练项目
理学
心理学类
学生来源于教师科研项目选题
二年期
维生素B12作为关键辅酶,近年来在衰老及神经退行性疾病中的潜在功能受到广泛关注,但其具体的代谢通路及调控机制仍未完全阐明。天冬氨酸内肽酶ASP-13在维生素B12的转录组测序中被显著富集,提示其可能参与维生素B12代谢及相关生理功能。本研究基于秀丽隐杆线虫模式生物,结合转录组、代谢组数据分析和蛋白互作网络等技术,研究了ASP-13在维生素B12信号通路中的调控作用;并通过抗逆性及学习行为等实验方法评估其对机体衰老和认知功能的影响。研究结果将有助于揭示维生素B12在干预衰老及神经保护中的潜在机制,为相关疾病的预防提供新的理论依据。
        曾参与2024年大学生创新创业项目,熟悉该项目的研究现状,具有一定科研基础。
        2024年承担山东省自然科学基金青年项目1项。
        提供实验所需耗材、试剂和实验方法指导,写作指导。
省级

项目成员

序号 学生 所属学院 专业 年级 项目中的分工 成员类型
石永琪 精神卫生学院 应用心理学(本科) 2023 实验和数据处理分析
隋良茹 精神卫生学院 应用心理学(本科) 2023 实验和数据处理分析
段玉洁 精神卫生学院 应用心理学(本科) 2023 实验和数据处理分析

指导教师

序号 教师姓名 所属学院 是否企业导师 教师类型
孙梦璐 精神卫生学院

立项依据

        维生素B12作为重要的辅酶因子,通过参与DNA合成和一碳单位的代谢,在维持基因组稳定性、能量代谢、生殖发育、衰老和神经保护等过程中发挥关键作用。然而维生素B12的具体代谢通路及其调控机制仍未完全阐明。本研究通过筛选秀丽隐杆线虫衰老、阿尔茨海默病及喂食维生素B12的转录组测序数据后,探讨天冬氨酸内肽酶ASP-13在维生素B12信号通路中的调控作用,评估其对衰老和神经退行性疾病的影响,也为维生素B12在衰老和认知功能中的作用提供新的理论依据。
        冬氨酸内肽酶ASP-13调节肠道蛋白激酶活性,并在补充VB12的转录组测序中被显著富集,但尚不明确ASP-13是否介导VB12的代谢过程来影响衰老和神经退行性疾病。本研究通过比较秀丽隐杆线虫衰老、阿尔茨海默疾病(Alzheimer’s disease,AD)和补充VB12的转录组测序数据,对富集的差异基因进行STRING蛋白互作分析,重点研究了以ASP-13为代表的天冬氨酸内肽酶对VB12信号通路的调节作用;同时对线虫的抗逆性和学习行为等进行测定,以探究ASP-13对衰老和认知功能的影响。
        维生素B12(Vitamin B12,VB12),又称钴胺素,是一种含金属钴的有机化合物。在植物性食物中VB12含量较低,主要存在于动物性食物,如肉类、鱼类、蛋类和奶制品等[1]。VB12的吸收受到胃酸、蛋白酶、内因子和转运体的影响,并在进入细胞后以甲钴胺和腺钴胺两种形式参与代谢反应。在胞质中,甲钴胺作为蛋氨酸合成酶(Methionine synthase,MTR)的辅酶在蛋氨酸/S-腺苷蛋氨酸(Met/SAM)循环中将同型半胱氨酸(Homocysteine,Hcy)转化为蛋氨酸,并通过影响甲基供体SAM和一碳单位的代谢参与DNA合成和甲基转移反应。另一方面,线粒体内的腺钴胺作为甲基丙二酰辅酶A变位酶(Methylmalonyl-CoA mutase,MCM)的辅酶,催化甲基丙二酰CoA向琥珀酰CoA转化,参与三羧酸循环,维持正常的脂质和蛋白质代谢[2]
        维生素B12的水平不仅取决于膳食摄入量,如长期素食者易缺乏VB12;也与衰老过程中减少的VB12吸收率有关。研究指出VB12缺乏在老年群体中的发生率越来越高,胃粘膜退行性病变和长期口服质子泵抑制剂能够引起胃酸分泌减少,影响VB12与食物蛋白解离,导致VB12吸收障碍,如长期口服二甲双胍会使得糖尿病老年患者血清VB12下降[3]
        维生素B12介导蛋氨酸合成和游离四氢叶酸的再生,并通过影响一碳单位代谢,调节DNA合成[4]。巨幼细胞性贫血是由于DNA合成障碍所致的一种贫血,主要原因是叶酸和VB12缺乏,表现为红细胞数量减少,异常的巨幼细胞无法顺利进入血液循环,患者多出现头晕疲劳和呼吸困难等症状[2]。除引起巨幼细胞性贫血之外,心血管疾病、脂肪代谢、生殖系统和神经系统等疾病也与缺乏维生素B12密切相关。VB12缺乏可引起体内高同型半胱氨酸浓度升高,造成高同型半胱氨酸血症,诱导氧化应激并损伤血管内皮细胞功能,影响心血管功能。而且,高同型半胱氨酸血症是痴呆(如阿尔茨海默症AD)的危险因素,研究推测可能与损伤血管内皮进而影响大脑功能、促进神经细胞氧化损伤并增强β-淀粉样蛋白和促进神经纤维缠结的毒性有关[5]。此外,近年研究报道揭示,VB12缺乏引起甲基供体S-腺苷蛋氨酸缺乏,造成包括磷脂、蛋白质、DNA合成和神经递质代谢障碍的众多反应。VB12在脂肪代谢中起关键作用,在线粒体中缺乏VB12导致甲基丙二酰CoA积累,抑制脂肪酸氧化,促进脂肪生成和累积;引起胆固醇生物合成途径的低甲基化,诱导脂肪细胞功能障碍引发肥胖相关并发症。在生殖健康方面,VB12缺乏通过调节卵母细胞成熟和精子活力等影响生殖细胞质量、降低胚胎存活率[3]。因此VB12通过参与DNA合成和一碳单位的代谢,在维持基因组稳定性、能量代谢、生殖发育、衰老和神经保护等过程中发挥重要作用。
        秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegansC. elegans)隶属线形动物门,线虫纲,体型微小(成虫大约1-1.5 mm),生活于土壤中,以大肠杆菌(E.coli OP50)为食,具有雌雄同体和雄性两种性别,其中绝大多数个体为雌雄同体,雄虫仅占0.05%。基本结构包括胶原蛋白角质层、口、咽、肠及性腺[6]。与其他动物模型相比,秀丽隐杆线虫的生命周期相对短暂,在20℃实验室培养条件下,从虫卵发育至成虫仅需3天,寿命约2-3周,并根据形态结构特征划分为胚胎阶段、四个幼虫阶段(L1-L4期)和成虫阶段。其中每个幼虫阶段结束时都有一段静止期,用于形成新的角质层以及旧角质层的蜕皮;此外,进入成虫期的线虫开始产卵繁殖,该过程一般持续5-7天,雌雄同体自体受精大约产生300个后代,而与雄性交配后其后代数量可以扩增至1200-1400个。但当线虫处于食物匮乏、过度拥挤或高温等条件时,L2期幼虫进入滞育期(dauer)而非L3期,此时dauer期幼虫被角质层完全包裹,防止进食并阻止其发育;同时,角质层为线虫提供了更强的保护作用,以抵御外界环境压力,提高自身生存率。当条件重新变得有利时,dauer期幼虫会直接进入L4期,进而发育为成虫。因此,实验室保存线虫会选取 dauer时期,并将其置于-80℃或液氮中进行长期冻存[7]
        秀丽隐杆线虫是研究饮食、疾病和新陈代谢关系的重要模型,与传统模式生物如小鼠、果蝇、斑马鱼等相比具有诸多优势,包括:①生命周期短,可以简化缩短实验周期,便于抗压测试和寿命相关实验的快速分析,也能够在短时间内观察到多代线虫的生命过程;②线虫身体及产卵均呈透明状态,便于区分线虫的生长阶段,能够在显微镜下观察体内所有细胞,这也为细胞谱系追踪提供条件,一条雌雄同体成虫含有958个体细胞和302个神经元,与荧光蛋白技术联用,可以清晰检测活体线虫中目标基因的表达;③基因组测序完整,遗传背景清晰。线虫作为第一种完成基因组测序的多细胞生物,有60%-80%基因与人类同源,并且体内多种信号通路在进化上高度保守;④遗传操作简便。纯合雌雄同体通过自体受精可以获得相同后代,以维持性状的相对稳定,而与雄虫交配则有利于获得突变株。此外,RNAi干扰技术、通过显微注射进行转基因、诱变筛选以及CRISPR/Cas9等遗传技术也可应用于线虫进行突变体构建[8, 9]。因此,秀丽隐杆线虫成为探究基因功能和基因表达调控的重要工具,被广泛用于研究发育生物学、神经生物学和遗传学等。
        秀丽隐杆线虫必须通过进食才能获取生长发育和繁殖所需的营养,不同的饮食对线虫的基因表达和代谢途径有显著影响。近年来研究报道,维生素B12对线虫的生长至关重要,线虫早期饮食中缺乏VB12导致其生长迟缓、脂肪增加、不育、学习记忆受损和寿命缩短的表型,并且当线虫在低水平的VB12饮食条件下连续生长五代时,会出现严重的VB12缺乏症,表现为甲基丙二酰CoA和同型半胱氨酸显著升高;相反,通过直接喂食VB12或含有高水平的VB12大肠杆菌,如HT115,将有效缓解线虫的生长速度和胚胎缺陷[10]。此外,饮食中补充VB12,通过发挥蛋氨酸合成酶辅助因子的作用,影响蛋氨酸/S-腺苷蛋氨酸(Met/SAM)循环,从而缓解了AD线虫中淀粉样蛋白Aβ诱导的线粒体碎裂、ATP缺陷和氧化应激,延缓线虫瘫痪[11]。因此,秀丽隐杆线虫作为研究VB12缺乏症和相关疾病的合适模型,对衰老及晚年疾病的治疗具有重要意义。
        低水平VB12可以激活线虫的两种转录机制[12]。当低VB12水平或典型的丙酸分解途径被干扰时,造成丙酸积累并以核激素受体NHR-10依赖的方式激活丙酸分流途径基因的转录,该机制被称为“B12-mechanism-i”。其中丙酸分流中的第一个基因acdh-1充当控制点,在VB12受到限制时,acdh-1的表达被诱导数百倍;另一方面,“B12-mechanism-ii”则由Met/SAM循环活性的扰动引起。即低水平的VB12或低水平的Met/SAM循环活性以核激素受体NHR-114依赖的方式激活丙酸分流途径并促进Met/SAM循环基因的表达,该机制不依赖于丙酸的积累。NHR-114的功能丧失性突变体在喂食大肠杆菌E.coli OP50时出现发育缓慢且不育的表型,而补充VB12后可以挽救。
        天冬氨酸蛋白酶参与多种生理活动,包括蛋白质水解、细胞周期调控与细胞凋亡等。天冬氨酸蛋白酶13(ASpartyl Protease 13,ASP-13)具有天冬氨酸型内肽酶活性,在秀丽隐杆线虫肠道中特异性表达,预测参与蛋白的水解过程。Bin Qi报道ASP-13作为肠道蛋白酶,受到 ELT-2转录因子的调控,ELT-2 过表达可促进 ASP-13表达,增强蛋白酶活性,并在维生素B2介导的食物消化、蛋白酶活性调节和生长发育过程中起重要作用,这一机制有利于线虫适应环境中的食物质量变化[13]。随着年龄增长,细胞内蛋白质稳态逐渐失衡,ASP-13等蛋白酶活性的改变,可能会影响蛋白质的降解过程,导致异常蛋白质积累。在衰老过程中也可能受到影响,导致细胞功能下降和组织功能衰退。但目前有关ASP-13功能的研究报道相对有限,本项目发现ASP-13在秀丽隐杆线虫衰老(Ageing)、阿尔茨海默疾病(AD)和补充VB12后的转录组测序(RNA-seq)数据中均有显著富集。因此,本研究可进一步探索ASP-13与维生素B12代谢之间的相互作用机制,并揭示其在秀丽隐杆线虫衰老过程及认知功能中的潜在影响。
参考文献:
[1] Laranjeira A C, Berger S, Kohlbrenner T, et al. Nutritional vitamin B12 regulates RAS/MAPK-mediated cell fate decisions through one-carbon metabolism. Nature communications, 2024, 15(1): 8178
[2] Green R, Allen L H, Bjørke-Monsen A L, et al. Vitamin B(12) deficiency. Nat Rev Dis Primers, 2017, 3: 17040
[3] 白姗姗, 王冰心, 张佳佳, 等. 维生素B12缺乏在老年人中的研究进展. 世界最新医学信息文摘, 2018, 18(06): 68-69
[4] Castillo L F, Pelletier C M, Heyden K E, et al. New Insights into Folate-Vitamin B(12) Interactions. Annu Rev Nutr, 2025
[5] Smith A D, Refsum H. Homocysteine, B Vitamins, and Cognitive Impairment. Annu Rev Nutr, 2016, 36: 211-239
[6] Rani N, Alam M M, Jamal A, et al. Caenorhabditis elegans: A transgenic model for studying age-associated neurodegenerative diseases. Ageing research reviews, 2023, 91: 102036
[7] Zhang M G, Seyedolmohadesin M, Mercado S H, et al. Sensory integration of food and population density during the diapause exit decision involves insulin-like signaling in Caenorhabditis elegans. Proc Natl Acad Sci U S A, 2024, 121(40): e2405391121
[8] Son H G, Altintas O, Kim E J E, et al. Age-dependent changes and biomarkers of aging in Caenorhabditis elegans. Aging Cell, 2019, 18(2): e12853
[9] Romussi S, Giunti S, Andersen N, et al. C. elegans: a prominent platform for modeling and drug screening in neurological disorders. Expert Opin Drug Discov, 2024, 19(5): 565-585
[10] Bito T. Physiology of vitamin B12: a study on its molecular mechanisms using a Caenorhabditis elegans model. Biosci Biotechnol Biochem, 2025, 89(3): 338-341
[11] Lam A B, Kervin K, Tanis J E. Vitamin B(12) impacts amyloid beta-induced proteotoxicity by regulating the methionine/S-adenosylmethionine cycle. Cell reports, 2021, 36(13): 109753
[12] Giese G E, Walker M D, Ponomarova O, et al. Caenorhabditis elegans methionine/S-adenosylmethionine cycle activity is sensed and adjusted by a nuclear hormone receptor. Elife, 2020, 9
[13] Qi B, Kniazeva M, Han M. A vitamin-B2-sensing mechanism that regulates gut protease activity to impact animal's food behavior and growth. Elife, 2017, 6
创新点:
        维生素B12调节的典型丙酸分解途径和Met/SAM循环对线虫的多种基因表达和代谢通路有显著影响,然而这些途径如何进行转录调控,以及饮食摄取的VB12如何发挥挽救效用仍然存在未知。鉴于秀丽隐杆线虫的短暂生命周期和遗传操作便利优势,本研究使用Pacdh-1::GFP转基因线虫,即acdh-1启动子控制下表达绿色荧光蛋白(GFP)的线虫作为VB12传感器,筛选并验证调节VB12水平的基因。此外,线虫中构建VB12缺陷型模型相对简单,避免哺乳动物中诱导VB12 缺乏状态的困难、研究的持续时间长以及繁琐的基因编辑操作。
项目特色:
        目前有关ASP-13的功能研究相对较少,尽管在衰老、阿尔茨海默疾病和补充VB12后的转录组测序中有显著富集,但尚不明确 ASP-13 是否通过介导 VB12 代谢影响衰老和神经退行性疾病。本项目结合多组学数据分析(RNA-seq和代谢组学)、蛋白互作网络和实验验证等方法,系统性地研究了ASP-13 对调控 VB12 代谢和衰老认知的影响。
技术路线:
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拟解决的问题:
        天冬氨酸内肽酶ASP-13是否参与调节维生素B12的代谢途径,以及研究ASP-13对线虫衰老健康的影响。
预期成果:
        利用秀丽隐杆线虫模型,揭示天冬氨酸内肽酶ASP-13在维生素B12代谢中的作用机理,阐明ASP-13对线虫衰老和认知功能的影响,为维生素B12的代谢调控和生物学功能提供理论依据。预期发表学术论文1篇。
        第一阶段(2025.05.01-2025.10.31):富集分析秀丽隐杆线虫衰老(Ageing)、阿尔茨海默疾病(AD)和补充VB12后的转录组测序(RNA-seq),利用Pacdh-1::GFP转基因线虫作为VB12传感器,结合RNA干扰技术,筛选调节VB12水平的基因。

        第二阶段(2025.11.01-2026.04.31):检测ASP-13对VB12调节的两条信号通路,即丙酸分解途径和Met/SAM循环的影响,探究ASP-13对线虫衰老和认知功能的干预作用。

        第三阶段(2026.05.01-2026.12.31):研究补充维生素B12对ASP-13缺陷型线虫的挽救作用,采取非靶向代谢组学分析进一步探究ASP-13在新陈代谢中的调节功能。

        第四阶段(2027.01.01-2027.05.31):发表文章,结题。分析总结研究成果,撰写项目结题报告。
1.与本项目有关的研究积累和已取得的成绩

        目前,本项目进行衰老(Ageing)、阿尔茨海默疾病(AD)和补充VB12后的转录组测序的数据分析,筛选出可能调节VB12水平的基因asp-13;利用RNA干扰技术进一步探究ASP-13在VB12代谢中的作用机理,研究结果包括干扰asp-13基因能够激活丙酸分流途径; asp-13敲低的线虫降低运动和应激能力,并出现认知功能障碍。具体研究结果如下:
        为研究维生素B12对线虫衰老和神经退行性疾病的影响,本研究从转录组测序中富集了关于线虫衰老(第4天vs第20天;第6天vs第15天)、阿尔茨海默病(GMC101 vs CL2122)和补充VB 12(大肠杆菌E.coli OP50 vs大肠杆菌E.coli OP50 + VB 12)的基因,并发现asp-13与丙酸分流途径中的第一个基因acdh-1密切相关(图1A和1B)。然后在野生型N2和充当VB12传感器的Pacdh-1::GFP转基因线虫中进行asp-13 RNA干扰(asp-13-RNAi),以检测asp-13acdh-1表达的影响。qRT-PCR结果表明acdh-1hphd-1等丙酮酸分流基因被显著激活(图1C和1D);此外,asp-13-RNAi增加了Pacdh-1::GFP转基因线虫中的荧光强度(图1E),揭示asp-13缺陷能诱导acdh-1表达,这表明敲低asp-13可能使VB 12水平受到干扰,激活了丙酸盐分流途径。
        为了探究asp-13-RNAi后激活丙酸分流的机制,我们分析了“B12-mechanism-i”和“B12- mechanism-ii”。 qRT-PCR结果显示“B12-mechanism-i”被激活,因为典型的丙酸分解代谢途径中的mce-1mmcm-1基因表达受到抑制(图1F)。此外,参与VB12依赖的Met/SAM循环(“B12- mechanism-ii”)的基因如metr-1pmp-5cbs-1也被诱导表达(图1G和1H)。与转录因子NHR-114对VB12水平和活性的影响相一致,由asp-13调节的基因表达,在敲除NHR-114的突变体中,其增加程度减少或消失(图1I)。这些结果表明,asp-13-RNAi通过干扰丙酮酸分解代谢途径和Met/SAM循环来激活丙酸分流途径。

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                                图1.干扰asp-13激活丙酮酸分流途径

        (A) 维恩图显示(第4天vs第20天;第6天vs第15天)、阿尔茨海默病(GMC101 vs CL2122)和补充VB 12(大肠杆菌E.coli OP50 vs大肠杆菌E.coli OP50 + VB 12)的转录组测序数据。(B) 使用STRING绘制11种重叠蛋白质的相互作用网络。(C) 秀丽隐杆线虫中典型的丙酸分解途径和丙酸分流途径示意图。MM-CoA:甲基丙二酰-CoA;3-HP:3-羟基丙二酸;MSA:丙二酸半醛。(D) 线虫对照组和asp-13-RNAi组中丙酸分流途径基因的mRNA转录水平。(E) asp-13干扰后的VL749 [Pacdh-1::GFP]转基因线虫荧光图像。(F) asp-13-RNAi线虫中典型丙酸分解代谢途径基因的mRNA水平。(G) 示意图展示低水平VB12增加Met/SAM循环基因的转录,并依赖转录因子nhr-114调节内流和外排。(H) qRT-PCR分析结果显示Met/SAM循环基因在对照和asp-13-RNAi线虫中的表达。(I) nhr-114缺失突变体中,asp-13-RNAi对代谢途径基因的影响。其中“*”表示P < 0.05;“**”表示P < 0.01;“***”表示P < 0.001;“****”表示P < 0.0001。

       据报道VB12缺乏能够引起严重的氧化损伤,我们发现asp-13 RNAi后对氧化应激和热应激极为敏感,表现为asp-13缺陷降低线虫的身体弯曲能力39.09%(图2A);缩短线虫在50 mM 百草枯(paraquat)诱导氧化应激下的生存时间,增加了42.25%(图2B和2C)。同时,在35 ℃热应激条件下,asp-13-RNAi线虫降低热激耐受性达34.69%(图2D)。此外,化学趋向性行为用于考察线虫头部神经系统的功能,选择乙酸钠作为引诱剂进行趋化测定发现,对照组线虫显示出对乙酸钠的吸引力,但在asp-13干扰后,趋化性CI指数的绝对值显著降低(图E)。因此综合上述实验结果,揭示敲低asp-13可能通过调节线虫的丙酸分流途径降低耐胁迫性,损伤线虫认知功能。
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                          图2.干扰asp-13降低耐胁迫性并损伤认知功能

        (A) 成年第一天线虫的身体弯曲次数。(B-C) 在50 mM 百草枯诱导的氧化应激下,线虫的生存曲线和平均寿命。(D) 用空载或asp-13-RNAi大肠杆菌喂养的线虫,在35°C下孵育4小时后对其生存能力进行测定。(E) 对照组和asp-13-RNAi线虫中化学趋化性行为的测定。其中添加在A点的乙酸钠(溶于ddH2O)作为化学引诱剂,B点添加ddH2O,S点滴加线虫。趋化性指数 CI的评分如下:CI =(Na - Nb)/(Na + Nb),N代表爬向各点的线虫数量。 “**”表示P < 0.01;“***”表示P < 0.001;“****”表示P < 0.0001。
        在模型方面,本项目拥有研究衰老、神经退行性疾病和维生素B12代谢通路相关的转基因线虫,这将有效缩短构建模型所需的时间;此外,本课题组长期从事秀丽隐杆线虫的研究工作,因此项目所涉及的实验仪器基本已具备,线虫的培养方法和实验技术操作也更为成熟。
        本项目在研究ASP-13基因功能时,常采取喂食RNA干扰菌的方式敲低基因的表达,但大肠杆菌长期放于4 ℃也会影响线虫的摄食行为,所以需要注意RNA干扰菌的更新,并不定时验证缺陷型模型是否构建成功,保证实验的准确性。

经费预算

开支科目 预算经费(元) 主要用途 阶段下达经费计划(元)
前半阶段 后半阶段
预算经费总额 20000.00 10000.00 10000.00
1. 业务费 5000.00 2500.00 2500.00
(1)计算、分析、测试费 2000.00 代谢组测序 2000.00 0.00
(2)能源动力费 0.00 0.00 0.00
(3)会议、差旅费 0.00 0.00 0.00
(4)文献检索费 0.00 0.00 0.00
(5)论文出版费 3000.00 审稿费 500.00 2500.00
2. 仪器设备购置费 0.00 0.00 0.00
3. 实验装置试制费 15000.00 耗材和试剂 7500.00 7500.00
4. 材料费 0.00 0.00 0.00
结束